Intrecciate a questa ossatura principale si individuano le storie della Madonna, i martìri di San Pietro e di San Clemente, i fatti della vita di San Giovanni evangelista e del Battista, di Sant’Isidoro, del nutrito pantheon dei santi venerati dai Veneziani, dei cicli – infine – con la leggenda di San Marco. L’oro che fa da sfondo ai mosaici conferisce unità a tutto il rivestimento musivo con il preciso valore simbolico di colore del Divino, immagine di quella luce che per i teologi e i padri della chiesa medievali è Dio stesso.

Lo schema teologico e il piano programmatico, sono attribuiti al teologo studioso di Aristotele Jacobo Venetico greco.

È necessario però ammettere la presenza di altri iconografi successivi: uno per l’atrio, un altro per le storie di San Marco raffigurate nella facciata principale, un terzo per il battistero, un quarto per la cappella di Sant’Isidoro, un quinto per la quella dei Mascoli ed un sesto per il complesso della sacrestia.

Nel nartece si snodano i fatti narrati nel Pentateuco, denominazione data alla prima parte della Bibbia, attribuita a Mosè e suddivisa in cinque libri. Il racconto inizia con il cupolino della Genesi in cui è raffigurata la creazione del mondo, l’Esamerone, e la storia dei protoparenti, uno dei capolavori dell’arte mondiale raffigurante le opere divine nei 6 giorni della creazione. Seguono le storie di Caino e Abele, di Noè, del diluvio, della torre di Babele, di Abramo e di Giuseppe, per concludersi con i fatti principali di Mosè fino al passaggio del Mar Rosso.

L’esecuzione di questo ciclo di mosaici ha inizio nei primi decenni del XIII secolo, e termina nel 1275. Si ispira quasi alla lettera alle miniature della “Bibbia Cotton”, un testo biblico di ambiente egiziano, o più precisamente alessandrino, risalente al V secolo, di cui alcuni frammenti sono conservati al British Museum.

Gli episodi del Nuovo Testamento nell’interno sono incentrati su fatti della vita di Cristo narrati nei Vangeli, negli Atti degli apostoli e nell’Apocalisse.

In funzione di cerniera tra i due Testamenti vanno intesi i mosaici sulla vita della Vergine, collocati alle ali estreme del transetto nord, ispirati in parte all’apocrifo protovangelo di San Giacomo e d’ispirazione bizantina. I mosaici della cappella dei Mascoli eseguiti nel corso del Quattrocento, rappresentano un ciclo a sé stante, riportabile a forme specifiche di devozione alla Madonna.

La Basilica presenta anche una vasta serie di mosaici agiografici, che trattano della vita dei santi, riguardanti in particolare:

– l’evangelista Marco nelle due cantorie, nella parete ovest del transetto sud, sulla volta della Cappella Zen, e nella facciata principale;

– gli Apostoli, sulle due vaste tribune di sinistra e di destra a lato della cupola della Pentecoste;
– Sant’Isidoro con i mosaici della cappella omonima, un santo collegato alle fortune militari e politiche conseguenti alle crociate;

– San Leonardo, il popolare santo di Provenza, con una cappella a lui dedicata dove si narrano le principali sequenze biografiche. Se ne mettono comunque in rilievo gli aspetti nobiliari: la cappella entra, infatti, nell’area di uso strettamente dogale della basilica.

– le storie di San Pietro e San Clemente papa, sul lato inferiore della tribuna di sinistra e di destra, a fianco del presbiterio. La presenza di San Clemente va forse riferita all’importanza del culto del santo, collegato già in Alessandria a quello di san Marco a cui era devota la gente di mare.

La parte superiore è occupata da episodi del Nuovo Testamento; quella mediana da figure isolate di profeti in funzione interpretativa dei primi, secondo le leggi usuali della critica medievale, che ravvisano nel Nuovo Testamento la verifica dell’annuncio proclamato nell’Antico Testamento dai profeti, dalla loro vita o dalle loro parole.

Il registro inferiore della fascia concerne i santi del pantheon locale, indigeni e patroni, secondo l’uso bizantino, a questi si aggiungono i santi esteri con i quali vigono vincoli di pietà o onorati in paesi con cui la Repubblica intrattiene rapporti commerciali.