La basilica di San Marco, iniziata nel 1063, viene costruita su fondazioni e murature di una chiesa precedente, anch’essa dedicata al santo. Il modello per questa nuova chiesa, molto più grande della precedente, è la basilica dei dodici Apostoli di Costantinopoli.

La nuova struttura è a croce greca con la navata longitudinale di poco più lunga del transetto limitato dai preesistenti edifici (antico castello a sud e la chiesetta di San Teodoro a nord). All’incrocio e sui bracci della croce si innalzano le cinque grandi cupole.
L’impianto architettonico è molto articolato e ripete un unico modulo ben individuabile nella cupola centrale che poggia, mediante i pennacchi e le grandi volte, sui quattro pilastri. Entrambi i bracci della croce sono suddivisi in tre navate.

L’atrio con le sue cupole viene costruito un secolo dopo la fabbrica della chiesa. Il battistero invece viene costruito, sul fronte sud della basilica, nella prima metà del XIV secolo. Sotto il presbiterio e le cappelle laterali è posta la cripta a tre navate abisdate con l’antico sacello che ha custodito per secoli il corpo di San Marco.

L’idea di architettura che sottostà alla basilica di San Marco è fortemente radicata nel contesto culturale di Costantinopoli. Il modello è la chiesa dei dodici Apostoli, costruita ai tempi di Giustiniano e distrutta nel 1462.
La basilica attuale viene collocata in un suolo già edificato, sopra i resti della prima e seconda chiesa, nello spazio disponibile tra il Palazzo Ducale e la chiesetta di San Teodoro (810-819). Una soluzione ardita, che unisce, nell’XI secolo, le memorie, costituite dalla tomba con le reliquie del corpo di San Marco, all’impianto a croce greca di una nuova grande chiesa a cinque cupole, la prestigiosa “Cappella Ducale”.
In San Marco ogni cupola poggia su quattro grandi volte che scaricano il loro peso su pilastri quadripartiti.
L’interno si propone con una sequenza unitaria suddivisa in singole partiture spaziali, cui il mosaico a fondo d’oro garantisce continuità e il particolare modo di essere della chiesa. A diversità dei modelli greci, l’altare, legato alla tomba dell’evangelista, non è al centro della croce, ma sotto la cupola orientale, quella del presbiterio.
In tempi successivi la basilica subisce modifiche sostanziali: viene aggiunto il nartece, aperto un rosone gotico verso il Palazzo Ducale e la vetrata dei cavalli nella facciata, variando l’atmosfera stessa dell’antica fabbrica. Ogni modifica è legata a motivi strutturali, politici o di rappresentanza.

Unicità di San Marco
Oggi la basilica di San Marco è considerata eredità viva della cultura romana, bizantina e veneziana. La basilica si può considerare idealmente racchiusa in un quadrilatero di quasi 60 metri di lato. L’impianto è a croce greca. Entrambi i bracci della croce sono suddivisi in tre navate.
Oltre la crociera, delimitata dall’iconostasi, l’area del braccio est è occupata dal presbiterio al centro e ai lati, dalle cappelle di San Pietro a nord e di San Clemente a sud.
In fondo al presbiterio, addossato all’abside, vi è un altare su un ripiano rialzato di 5 scalini un tempo, per la deposizione del Santissimo. Le teste del transetto si concludono con una parete rettilinea. A nord inglobano le murature delle cappelle di Sant’Isidoro e dei Mascoli, a sud quelle dell’accesso al Palazzo Ducale. Sui lati ovest e nord la chiesa è circondata da un nartece nel quale, sulla testata sud, si apriva la “porta da mar”, ora occupata dalla cappella del cardinale Giovambattista Zen.

L’entrata principale da ovest ha un portone ligneo della fine del X secolo, rivestito di lastre di rame e grate bronzee più antiche. A destra e a sinistra sono le entrate di San Clemente e di San Pietro. All’estremità nord della facciata, quella di Sant’ Alipio. Nel braccio nord la porta dei Fiori è racchiusa anch’essa da un cancello bronzeo.
Dal nartece si entra in chiesa attraverso quattro porte: quella centrale, quella di San Clemente e quella di San Pietro, in corrispondenza delle cappelle omonime, e, a nord, la porta della Madonna o di San Giovanni.
Sul fronte sud, sul limite della porta da mar, tra la porta e un’antica torre angolare viene costruito il battistero, caratterizzato da due cupole e da una volta che lo raccorda con le strutture della cappella Zen. La torre, d’incerta funzione, trasformata con la realizzazione della terza San Marco, è collegata internamente alla chiesa e alle murature del palazzo inglobate nella testa del transetto sud. Il manufatto ospita ora il Tesoro e il Santuario con le reliquie.
Dal presbiterio e dalla cappella di San Pietro si accede alla sacrestia ingrandita alla fine del XV secolo. Contigua alla sacrestia è la quattrocentesca chiesetta di San Teodoro.

Sotto il presbiterio e le cappelle laterali c’è la cripta a tre navate absidate. Nella centrale, sotto l’altare maggiore si trova l’antico sacello in cui era custodito il corpo dell’evangelista. La cripta è coperta da volte a botte incrociate, sostenute da colonnine con capitelli bizantini a semplice decorazione a cestino, databili tra la fine del X e l’XI secolo. A ovest della cripta, ad un livello inferiore, vi è uno spazio denominato “retrocripta” con le tombe dei patriarchi di Venezia dal 1807.

A causa di ripetuti incendi i matronei che coprivano le navate laterali dei bracci ovest, nord e sud della croce sono stati eliminati. I soli matronei rimasti sono quelli sopra le strutture murarie: sopra il nartece, la cappella di Sant’Isidoro, le murature di confine con il palazzo e i semicatini delle absidi nelle cappelle di San Pietro e San Clemente. Tutti gli altri sono ridotti a semplici passaggi.

Nella chiesa si definiscono l’area di pertinenza ducale nel transetto sud, strettamente connessa al palazzo attraverso passaggi e finestre a diversi livelli; l’area di pertinenza del primicerio e dei sacerdoti di San Marco nel transetto nord, legata alle rispettive canoniche. Attorno alla chiesa l’altezza e l’importanza degli edifici aumentano riducendo la luce all’interno dell’edificio sacro. Agli inizi del Quattrocento la Serenissima decide la realizzazione di due grandi bocche di luce, la vetrata dei cavalli in facciata e il rosone nel transetto sud verso il palazzo dei dogi.

Le cupole, quella dell’ Ascensione al centro, dei Profeti sul presbiterio, della Pentecoste sopra la navata, di San Giovanni sul braccio nord e di San Leonardo sul braccio sud del transetto sono costituite da una semisfera in muratura che poggia su grandi volte di sostegno. Intorno al 1260 le cupole in muratura vengono ricoperte da cupole lignee di maggiori dimensioni sormontate da un cupolino su cui poggia una croce cosmica dorata.
Lastre di piombo di 2-3 millimetri di spessore ricoprono le cupole lignee e il cupolino.